世界の破壊者となってしまった士（つかさ）こと「仮面ライダーディケイド」は、次々と歴代仮面ライダーたちを倒していく。一方、「仮面ライダーW」である翔太郎とフィリップが営む鳴海探偵事務所に、幽霊を捜してほしいという不思議な調査依頼が舞い込んでくる。調査を始めた2人の前に、この世を去ったはずの探偵の師匠・鳴海荘吉が突然現れ、「仮面ライダーW」の誕生の秘密が徐々に明かにされていく。